Biblioteka Muzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku (statutowa nazwa działu - Biblioteka i Stare Druki) mieści się obecnie na parterze Domu Kustosza oraz w przylegającej do niego Baszcie Kustodii przy zachodniej kruchcie archikatedry.

Bibliotekę utworzono jako jeden z działów muzealnych już w roku 1948, czyli w chwili powstania samego Muzeum. Jej księgozbiór liczył wówczas zaledwie 346 woluminów. Profil i charakter księgozbioru szczegółowo został określony w statucie Muzeum z roku 1975.

Biblioteka muzealna ma charakter naukowy, specjalistyczny i służy przede wszystkim pracownikom merytorycznym Muzeum, dlatego też jest ona profilowana tak, aby zaspokajać w pierwszym rzędzie ich potrzeby. Naturalnie bardzo chętnie widziani są również łaknący wiedzy czytelnicy spoza Muzeum, szczególnie ci ze społeczności lokalnej.

Rola Biblioteki jako bazy informacyjnej dla pracowników nabiera szczególnego znaczenia wobec faktu oddalenia Muzeum fromborskiego od dużych ośrodków akademickich oraz badawczych z ich księgozbiorami.

W Bibliotece gromadzone jest przede wszystkim podstawowe piśmiennictwo z kilku grup tematycznych, które odpowiadają zakresowi kompetencji i zainteresowań poszczególnych działów Muzeum. Pierwszy i najważniejszy to naturalnie postać oraz dokonania Mikołaja Kopernika. Na kopernikana składają się prace naukowe, popularnonaukowe, edycje tekstów źródłowych, ale także literackie realizacje tematu. Duża część księgozbioru to dzieła z historii nauk matematyczno-przyrodniczych, przede wszystkim astronomii i medycyny. Kolejne to opracowania z dziejów Warmii, historii sztuki oraz historii Polski i dziejów powszechnych. Od wielu lat gromadzone są i katalogowane także wycinki prasowe dotyczące Mikołaja Kopernika oraz Fromborka.

Wyjątkowe znaczenie posiada zbiór starodruków, w tym inkunabułów, liczący już bez mała 800 pozycji. Ta niezwykle cenna i rzadka kolekcja składa się głównie z dzieł astronomicznych oraz medycznych, wśród których jest wiele woluminów unikatowych. Ośrodkiem kolekcji są, szczególnie ważne dla Muzeum, kopernikana. Wśród nich wymienić należy drugie oraz trzecie wydanie De revolutionibus Kopernika (to ostatnie z księgozbioru Jana Heweliusza, z własnoręcznym podpisem gdańskiego astronoma), jego praca o bokach i kątach trójkąta wydana w roku 1542 oraz zapowiadające wydanie głównego dzieła astronoma Narratio Prima Georga Joachima Rhetyka (wydanie gdańskie z roku 1540). W cennej kolekcji znajdują się jeszcze dzieła astronomiczne Tychona de Brahe, Keplera, Galileusza, Heweliusza i Newtona a także prace medyczne Galena, Vesaliusa i sławnego Józefa Strusia z Poznania oraz rzadkie polskie zielniki Marcina z Urzędowa i Syreniusza. Najstarszymi drukami w kolekcji są inkunabuły, m.in. encyklopedia Petrusa Berchoriusa, Repertorium morale putile predicatorum wydana przez Antoniego Kobergera w Norymberdze w 1489 r. oraz tłoczony u słynnego drukarza weneckiego Bernardiusa Fontany w roku 1497 - De medicina Aulusa Corneliusa Celsusa.

Drugie i trzecie wydanie De revolutionibus Mikołaja Kopernika

Inny bardzo wartościowy zbiór to kolekcja kartograficzna - stare atlasy geograficzne i astronomiczne oraz mapy, przedstawiające przede wszystkim Warmię oraz tereny dawnych Prus. Wśród atlasów geograficznych na wyróżnienie zasługuje z pewnością słynne dzieło Mercatora (właść. Gerarda Kremera), wydane w Duisburgu w 1595 roku - doskonały przykład walorów technicznych i piękna dawnej typografii. Jako przykład atlasu astronomicznego niech posłuży praca Zachariasza Bornmana z Wrocławia, wydana w 1596 roku. Najstarsze mapy w zbiorach pochodzą z szesnastowiecznej Kosmografii Sebastiana Münstera. Inny przykład to prace Wacława Grodeckiego, Henryka Zelle, Abrahama Orteliusza i Kacpra Hennebergera.

Fragment mapy Prus z atlasu Mercatora z 1595 r.

Warto również wymienić atlas miast z połowy XVIII w. zawierający plany i widoki miast europejskich w tym kompletny zbiór widoków miast śląskich - Scenographia Urbium Silesiae z norymberskiej oficyny Homanna.

Pocztówka z początku XX w. ze zbiorów biblioteki muzealnej

W zbiorach specjalnych muzealnej biblioteki znajduje się jeszcze ciekawy zbiór filatelistyczny składający się ze znaczków okolicznościowych upamiętniających Mikołaja Kopernika. W skład zbioru liczącego prawie 1000 pozycji wchodzą także stare pocztówki, głównie prezentujące widoki Fromborka.