Pierwsza izba pamiątkowa we Fromborku, poświęcona Mikołajowi Kopernikowi, została założona w 1912 roku, w budynku na Wzgórzu Katedralnym we Fromborku zwanym wieżą Kopernika, przez historyka warmińskiego, kanonika Eugena Brachvogla. W kilka lat później ukazał się drukiem pierwszy przewodnik po wystawie.

Pierwsza izba pamiątkowa poświecona Mikołajowi Kopernikowi, 1916 r.

Powojenna historia Muzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku rozpoczyna się 5 września 1948 r. Po dwuletnich staraniach Związku Zawodowego Historyków Sztuki i Kultury i pod patronatem najwyższych władz państwowych, otwarto wtedy na Wzgórzu Katedralnym pierwszą ekspozycję muzealną poświęconą Mikołajowi Kopernikowi. Otwarcie wystawy odbyło się w pobieżnie wyremontowanych, najmniej zniszczonych podczas działań wojennych w 1945 r., dwóch gotycko-barokowych kanoniach wewnętrznych, a patronował temu wydarzeniu Komitet Fromborski, pod przewodnictwem profesora Włodzimierza Antoniewicza.

Budynki Muzeum oraz ruiny pałacu biskupiego na Wzgórzu Katedralnym, lata 50-te XX w.

Pierwszym kustoszem, sprawującym pieczę nad Muzeum był Otton Ślizień (kierownik tej placówki w latach 1948-1952 i 1957-1966). Za jego kadencji opracowano plan rozwoju i w znacznym stopniu odbudowano obiekty zniszczone podczas wojny, przystosowując je do potrzeb muzealnych.

Otton Ślizień, pierwszy kustosz Muzeum i pierwsza powojena ekspozycja kopernikowska

Z krótszymi, a czasami dłuższymi przerwami odbudowa obiektów i zarazem rozwój Muzeum trwały do 1973 r. - jubileuszowego roku 500. rocznicy urodzin Mikołaja Kopernika. Wtedy przed Muzeum otworzyły się szerokie możliwości - duże powierzchnie wystawiennicze i magazynowe w odbudowanym dawnym pałacu biskupim, mieszkania pracownicze w wyremontowanych obiektach. Dalszemu rozwojowi sprzyjały również nowe zasady finansowania i uzyskanie statutowej samodzielności w 1975 r. Stało się to przede wszystkim za sprawą i staraniem ówczesnego dyrektora Muzeum - Przemysława Maliszewskiego, który kierował fromborską placówką w latach 1974-1978.

Pałac biskupi na Wzgórzu Katedralnym po odbudowie, lata 80-te XX w.

W 1948 r. Muzeum posiadało 786 eksponatów, w tym wiele kopii i depozytów. W ciągu 59 lat działalności przybyło ponad 3700 eksponatów . Średnio w ciągu roku przybywało ponad 60 eksponatów, jednak zdecydowanie więcej od połowy lat 70-tych XX w. W ciągu pierwszych 20 lat istnienia Muzeum prezentowana była jedna wystawa stała poświęcona Mikołajowi Kopernikowi. Tylko sporadycznie, głównie z powodu braku sal ekspozycyjnych, pokazywano wystawy czasowe. Sytuacja uległa zmianie dopiero w latach 70-tych, kiedy odbudowa budynków na Wzgórzu Katedralnym pozwoliła na uruchomienie nowych sal wystawowych i przybyło szereg nowych ciekawych eksponatów.

Fragment wystawy pt.. "Od Kopernika do Newtona" oraz dzwonnica katedralna, 2004 r.

Dodatkowo wzmocniło pozycję Muzeum udostępnienie na Wzgórzu Katedralnym widowiska "Światło i dźwięk", pierwszej tego typu imprezy w Polsce. Premiera widowiska odbyła się w sierpniu 1975 r. i było to wydarzenie kulturalne dużej rangi w regionie i kraju. Przez 13 lat widowisko było wielką atrakcją turystyczną Fromborka w sezonie letnim. Po całkowitym wyeksploatowaniu aparatury i instalacji widowisko zamknięto ostatecznie w 1988 r. - powód brak pieniędzy na remonty i modernizację.

Widowisko "Światło i dźwięk" na Wzgórzu Katedralnym, lata 80-te XX w.

W ciągu prawie 60 lat powojennej historii Muzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku odwiedziło je ponad 7,5 miliona osób, średnio ok. 130 tysięcy osób rocznie.

Jedną z zupełnie wyjątkowych w polskim muzealnictwie specjalnością fromborskiej placówki jest praca naukowo-oświatowa w dziedzinie astronomii. Służy temu planetarium działające od 1973 r. w przyziemiu dawnej dzwonnicy katedralnej. Na kopule sztucznego nieba o średnicy 8 m, przy pomocy aparatury ZKP-2 firmy Zeiss, wyświetlane są obrazy ciał niebieskich widocznych z dowolnej szerokości geograficznej, pory dnia i roku. W ciągu ponad 30 lat pracy muzealnego planetarium odbyło się ok. 36.000 seansów, średnio ponad 1000 seansów rocznie, które obejrzało prawie 1.800.000 osób, średnio ok. 40.000 osób w ciągu roku.

Muzealne planetarium, lata 90-te XX w.

Od 1981 r. pracę planetarium wspiera obserwatorium astronomiczne na tzw. Górze Żurawiej - najwyższym wzniesieniu w okolicach Fromborka. Znajdują się tam trzy pawilony ze sprzętem do obserwacji astronomicznych oraz budynek z pracowniami.

Najnowszy pawilon i teleskop w muzealnym obserwatorium astronomicznym, 2006 r.

Najnowszą pasją fromborskich muzealników są eksponaty dotyczące historii medycyny, zbierane dla budowanego od końca lat 70-tych XX w. działu w zespole poszpitalnym św. Ducha przy ul. Starej we Fromborku. Działania te rozpoczęto kiedy dyrektorem instytucji był Tadeusz Piaskowski (1978 - 1988).

Kaplica św. Anny w zespole szpitala św. Ducha i fragment ekspozycji "Z dziejów historii medycyny", 2003 r.

Od 1991 roku w zespole poszpitalnym św. Ducha przy ul. Starej pokazywane są zbiory działu historii medycyny, a od 1997 r. wystawa warmińskiej rzeźby i malarstwa XVI-XIX w. Od kilku lat przy zespole poszpitalnym udostępniany jest do zwiedzania ogród ziół.

Wnętrze kaplicy św. Anny zespołu szpitala św. Ducha i fragment ogrodu ziół, 2006 r.

Od samego początku istnienia instytucji dążono do tego aby to miejsce było świątynią nauki i sztuki, założoną i rozwijaną w hołdzie dla wielkości największego uczonego nowożytnej Europy - twórcy obecnego obrazu świata. Po niemal 60 latach istnienia nie udało się w pełni zrealizować tego zamiaru. Może najbliższe lata pozwolą na to i spełnią się marzenia założycieli Muzeum z połowy lat 40-tych XX w.